គ.ស.ធ.ឌ. មានអគ្គលេខាធិការដ្ឋានមួយ បំពេញមុខងារជាសេនាធិការជូន “ក្រុមប្រឹក្សាជាតិសេដ្ឋកិច្ចនិងសង្គមឌីជីថល” លើការងារសម្របសម្រួលបូកសរុបរបាយការណ៍ និង រៀបចំកិច្ចប្រជុំរបស់ក្រុមប្រឹក្សា។ អគ្គលេខាធិការដ្ឋាននៃ គ.ស.ធ.ឌ. គឺ ស្ថិតក្រោមការដឹកនាំ និងសម្របសម្រួលដោយ ក្រសួងសេដ្ឋកិច្ច និង ហិរញ្ញវត្ថុ។
យោងតាមអនុក្រឹត្យលេខ ២២០ អនក្រ.បក ចុះថ្ងៃទី ១១ ខែ វិច្ឆិកា ឆ្នាំ២០២១ ស្ដីពីការរៀបចំនិងការប្រព្រឹត្តទៅរបស់គណៈកម្មាធិការសេដ្ឋកិច្ចនិងធុរកិច្ចឌីជីថល (គ.ស.ធ.ឌ.) រចនាសម្ព័ន្ធរបស់ អគ្គលេខាធិការដ្ឋាន គ.ស.ធ.ឌ. ត្រូវបានកំណត់ដោយអង្គការលេខដូចខាងក្រោម៖
ការិយាល័យ រដ្ឋបាល និងហិរញ្ញវត្ថុ
ការិយាល័យធនធានមនុស្ស
ការិយាល័យស្រាវជ្រាវ
ការិយាល័យ គោលនយោបាយ និងច្បាប់
ការិយាល័យគម្រោង និងកម្មវិធីអភិវឌ្ឍ
ការិយាល័យនវានុវត្តន៍
ការិយាល័យបណ្តុះបណ្តាល
ការិយាល័យផ្សព្វផ្សាយ និងសហប្រតិបត្តិការ
ការិយាល័យតាមដាន ត្រួតពិនិត្យ និងវាយតម្លៃ
ការិយាល័យផែនការ សរុប និងស្ថិតិ